โรคอ้วนในเด็กมีผลเสียต่อระบบกระดูกและข้อ เกิดจากน้ำหนักตัวกดลงบนกระดูกข้อเข่าและข้อเท้า ทำอันตรายต่อแผ่นเยื่อเจริญกระดูกเข่าด้านในทำให้เกิดขาโก่ง (Blount disease) โรคหัวกระดูกสะโพกเลื่อน ขาฉิ่ง (knock knee) และเกิดกระดูกหักได้เวลาล้ม

โรคอ้วนในเด็กมีผลเสียต่อระบบหัวใจและหลอดเลือด เด็กโรคอ้วนมักมีความดันเลือดสูง อาจพบการทำงานของหลอดเลือดผิดปกติ หลอดเลือดแดงมีผนังหนาและอุดตัน กล้ามเนื้อหัวใจทำงานผิดปกติและเกิดโรคหัวใจขาดเลือด

โรคอ้วนในเด็กมีผลเสียต่อระบบทางเดินหายใจ เด็กโรคอ้วนมีไขมันสะสมในร่างกายสูง และการทำงานในการหายใจเพิ่มขึ้นทำให้มสมรรถภาพปอดลดลง อาจมีปัญหาของการหยุดหายใจขณะหลับจากภาวะทางเดินหายใจอุดกั้น ในโรคอ้วนที่รุนแรงอาจพบการหายใจ ไม่พอ มีภาวะ CO2 คั่งและขาดออกซิเจน ซึ่งหากไม่ได้รับการแก้ไขจะเกิดความดันหลอดเลือดในปอดสูง

โรคอ้วนในเด็กมีผลเสียต่อระบบทางเดินอาหารและโรคตับ อาจพบปัญหากรดไหลย้อน โรคนิ่วใจ ถุงน้ำดี ภาวะไขมันสะสมที่ตับ ซึ่งสัมพันธ์กับกลุ่มอาการเมตาบอลิก และระดับอินซูลินในเลือดสูง และยังเป็นปัจจัยเสี่ยงของโรคตับแข็งและมะเร็งตับ

โรคอ้วนในเด็กมีผลเสียต่อระบบต่อมไร้ท่อและเมตาบอลิซึมพบระดับอินซูลินในเลือดสูง เกิดภาวะต่อต้านอินซูลิน โดยพบมากขึ้นตามความรุนแรงของโรคอ้วน และนำไปสู่โรคเบาหวานชนิดที่ 2 ในเด็กและวัยรุ่นมากขึ้น ในวัยรุ่นหญิงที่อ้วนอาจพบอาการประจำเดือนขาดหรือมาผิดปกติ มีสิว ขนดก เสียงห้าว มีความเสี่ยงต่อการเกิดเนื้องอกในมดลูกและมะเร็งรังไข่

โรคอ้วนในเด็กมีผลต่อกลุ่มอาการเมตาบอลิก เป็นกลุ่มอาการที่เป็นปัจจัยเสี่ยงต่อการเกิดโรคหัวใจและหลอดเลือดและโรคเบาหวานชนิดที่ 2

โรคอ้วนในเด็กมีผลต่อความผิดปกติทางผิวหนัง มักพบ ACANTHOSIS NIGRICANS พบที่บริเวณลำคอ รักแร้ ข้อพับและขาหนีบทั้ง 2 ข้าง ซึ่งพบร่วมกับโรคเบาหวานชนิดที่ 2 อาจพบรอยแตก (striae) อาจพบลักษณ์ผื่นแดงบริเวณข้อพับ (intertrigo) เกิดจากการเสียดสี และความอับชื้น มักพบการติดเชื้อราแทรกซ้อนและติดเชื้อแบคทีเรียในบริเวณที่มีขน

โรคอ้วนในเด็กมีผลเสียต่อด้านจิตใจและสังคม พบว่า เด็กอ้วนมีการขาดความภาคภูมิใจในตนเอง มองว่า ตนเองไม่เก่ง ไม่มีความสามารถ ทำให้มีผลต่ออารมณ์ การพัฒนาความคิด ความรู้สึกมีคุณค่าในตนเอง เกิดปัญหาในการเข้า สังคม รู้สึกโดดเดี่ยว เหงา ซึมเศร้า วิตกกังวล

โรคอ้วนในเด็กมีความเสี่ยงต่อการเกิดโรคมะเร็ง มีความสัมพันธ์กับการเกิดโรคมะเร็งหลายตำแหน่ง ได้แก่ มะเร็ง หลอดอาหาร ต่อมไทรรอยด์ ไต ผิวหนัง ลำไส้และไส้ตรงในเพศชาย มะเร็งเยื่อบุโพรงมดลูก หลอดอาหาร ถุงน้ำดี ไต ตับ อ่อน ต่อมไทรอยด์ มะเร็งเต้านม ในวัยหลังหมดประจำเดือน และมะเร็งลำไส้ในเพศหญิง