สำหรับประเทศไทย ความหลากหลายทางเพศนั้นเหมือนจะอยู่คู่กับสังคมไทยมานานแล้ว จากหลักฐานกฎหมายตราสามดวง ซึ่งเป็นระบบกฎหมายที่สันนิษฐานว่า ใช้สืบต่อกันมาตั้งแต่ต้นกรุงศรีอยุธยาหรือก่อนก่อตั้งกรุงศรีอยุธยา จนถึงสมัยรัชกาลที่ 5 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ปรากฏการณ์กล่าวถึง “กระเทย” ในพระอัยการลักษณภญาน ในส่วนที่กล่าวถึงบุคคล 33 จำพวก ที่จะเอามาเป็นพยานมิได้ โดย “กะเทย บัณเฑาะก์” เป็นหนึ่งใน 33 จำพวก ที่ไม่สามารถมาเป็นพยานได้ ถือเป็นผู้ที่อยู่นอกกรอบศีลธรรมที่สังคมกำหนด หรือเป็นบุคคล “ชายขอบ” ที่สังคมไม่ยอมรับให้เท่าเทียมเท่ากับผู้อื่น อย่างไรก็ตาม กฎหมายตราสามดวงยังกำหนดข้อยกเว้นว่า ถ้าหากคู่ความยินยอมก็สามารถนำบุคคลเหล่านี้มาเป็นพยานได้ จะเห็นได้ว่า การกำหนดประเภทบุคคลที่เป็นกะเทย และบุคคลที่เป็นบัณเฑาะก์นั้น แสดงให้เห็นว่า การยอมรับการมีตัวตนอยู่ในสังคมของบุคคลเหล่านี้ในสังคมในอดีต และความแตกต่างระหว่างบุคคลสองประเภท

“กะเทย” และ “บัณเฑาะก์” ในกฎหมายตราสามดวงมีการบัญญัติคำแยกออกจากกัน แสดงว่า คน 2 ประเภทนี้มีความแตกต่างกัน บัณเฑาะก์ น่าจะหมายถึง คนที่ไม่ปรากฏเพศหญิงหรือเพศชาย หรือคนที่มีอวัยวะเพศที่ไม่สามารถระบุบอกเพศได้แน่ชัด ส่วนคำว่า “กะเทย” ในกฎหมายตราสามดวงน่าจะหมายถึง บุคคลที่มีกิริยาท่าทางตรงข้ามกับเพศของตน และเป็นคำภาษาถิ่นดั้งเดิม ที่ใช้เรียกคนกลุ่มนี้กันอยู่แล้ว และเป็นที่รู้จักกันทั่วไป

จึงสามารถอนุมานได้ว่า กะเทยและบัณเฑาะก์เป็นกลุ่มบุคคลที่มีตัวตน เป็นส่วนหนึ่งในสังคมไทยตั้งแต่อดีต และระบบกฎหมายในสมัยนั้นยอมรับการมีอยู่และกำหนดสิทธิบางประการ ในที่นี้คือ สิทธิในการเป็นพยาน จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์เหล่านี้ เราอาจจะสรุปได้ว่า แต่เดิมคำว่า “กะเทย” เป็นคำไทยเพียงคำเดียวที่ใช้เรียกบุคคลที่ไม่ใช่ชาย ไม่ใช่หญิง และน่าจะใช้สำหรับเรียกกลุ่มความหลากหลายทางเพศ นอกจากนี้ ยังมีคำว่า “เล่นเพื่อน” และ “เล่นสวาท” ซึ่งปรากฏในวรรณกรรมในสมัยอยุธยาและช่วงต้นรัตนโกสินทร์ ซึ่งเป็นคำที่บ่งบอกถึงพฤติกรรมการรักเพศเดียวกันและเพศวิถี แบบรักเพศเดียวกัน คำศัพท์เหล่านี้แสดงให้เห็นว่า ความหลากหลายทางเพศเป็นสิ่งที่สังคมไทยในอดีตรับรู้มานานแล้ว และน่าจะมีการยอมรับ อะลุ่มอล่วย และความอดทนต่อกลุ่มความหลากหลายทางเพศได้ในระดับหนึ่ง

ในสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีการปฏิรูปกฎหมายโดยทรงยกเลิกกฎหมายตราสามดวง และใช้จัดระเบียบการบริหารบ้านเมืองตามอย่างประเทศตะวันตก ในเรื่องของกฎหมายเกี่ยวกับการรักเพศเดียวกัน โดยมีการปรับปรุงระบบกฎหมายลักษณะอาญา ร.ศ. 127 ซึ่งเป็นกฎหมายแรก และกฎหมายเดียวในประเทศไทยที่มีการระบุถึงความผิดฐานชำเราผิดธรรมดามนุษย์และบทลงโทษของพฤติกรรมรักเพศเดียวกัน ไม่ว่าจะเป็นหญิงหรือชายอย่างชัดเจน ในมาตราที่ 242 หมวดที่ 1 ความผิดฐานกระทำอนาจารอันเกี่ยวแก่สาธารณะ “ผู้ใดกระทำชำเราผิดธรรมดามนุษย์ ด้วยชายก็ดี หญิงก็ดี หรือทำชำเราด้วยสัตว์เดียรฉานก็ดี ท่าว่ามันมีความผิด ต้องรวางโทษติดคุกตั้งแต่ 3 เดือนขึ้นไปจนถึง 3 ปี และให้ปรับตั้งแต่ 50 บาทขึ้นไปจนถึง 500 บาท” อย่างไรก็ตาม นักวิชาการด้านกฎหมายได้แสดงความคิดเห็นว่า กฎหมายมาตราดังกล่าวไม่ได้เกิดจากความต้องการที่จะกำจัดพฤติกรรมการรักเพศเดียวกันในหมู่ประชาชน แต่เป็นการพยายามสร้างระบบกฎหมายใหม่ โดยลอกเลียนระบบกฎหมายอาญาของชาติตะวันตก ซึ่งมีการกำหนดโทษและความผิดเรื่องการมีเพศสัมพันธ์ทางทวารหนักและการมีเพศสัมพันธ์ระหว่างเพศเดียวกัน โดยประเพณีความเชื่อทางศาสนาคริสต์ การเลียนแบบดังกล่าวมีจุดประสงค์จะพัฒนาระบบกฎหมายไทยให้มีความเป็นสากล ทัดเทียมและทันสมัยเช่นเดียวกันประเทศตะวันตก และเพื่อให้ชาติมหาอำนาจเหล่านี้ยอมรับกฎหมายไทย และไม่สามารถนำมากล่าวอ้างมาเพื่อขอสิทธินอกอาณาเขตทางการศาลได้ อันจะทำให้เกิดผลเสียและเกิดความไม่มั่นคงต่ออำนาจอธิปไตยของสยามประเทศในขณะนั้น ซึ่งกฎหมายอาญามาตราดังกล่าวก็มิได้มีผลบังคับใช้จริง

ต่อมาได้มีการประกาศให้ลดหย่อนโทษความผิดนี้เหลือเพียงโทษจำคุกตั้งแต่ 3 เดือนขึ้นไปจนถึง 3 ปีเท่านั้น และภายหลังเมื่อมีการตรวจชำระประมวลกฎหมายลักษณะอาญา และจัดทำประมวลกฎหมายอาญาฉบับใหม่ซึ่งได้ประกาศใช้ใน พ.ศ. 2499 คณะกรรมการร่างประมวลกฎหมายจึงมีมติให้ยกเลิกความผิดฐานนี้ไปเสีย เพราะเห็นว่ามักไม่เกิดเป็นคดีขึ้น ดังนั้น หลังจาก พ.ศ. 2499 เป็นต้นมา พฤติกรรมรักเพศเดียวกันในประเทศไทย จึงไม่ถือเป็นความผิดอาญาฐานกระทำชำเราผิดธรรมดามนุษย์อีกต่อไป

ประเทศไทยได้รับรองว่าการรักเพศเดียวกันไม่ใช่ความผิดปกติทางจิตเกิดขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2545 โดยกรมสุขภาพจิตได้ออกหนังสือราชการเพื่อแจ้งว่า การรักเพศเดียวกันไม่ถือเป็นความผิดปกติทางจิต และองค์การอนามัยโลกได้ตัดพฤติกรรมการรักเพศเดียวกันออกจากการจัดกลุ่มโรคระดับนานาชาติแล้ว นับเป็นเวลาร่วมสิบปีเต็มหลังจากประกาศขององค์การอนามัยโลกที่ไทยยอมรับว่าความหลากหลายทางเพศไม่ใช่เรื่องความผิดปกติทางจิตใจ แต่กระนั้น ถึงแม้ว่า จะเกิดการรับรองอย่างเป็นทางการในด้านการแพทย์ แต่ในทางปฏิบัติกลุ่มความหลากหลายทางเพศยังได้รับผลกระทบจากการอคติทางเพศ การเลือกปฏิบัติด้วยเหตุแห่งเพศจากมุมมองของสังคม